据了解，2015年农产品电商不断增长，相关电商平台已超过4000家。但是目前存在的突出问题是:趋同投资、重复建设非常普遍，同质化非常严重，导致竞争无序，亏损经营，建站与关站并存。2015年12月倒闭的水果营行，特土网、采购兄弟等都是昙花一现。原因是多样的，但是，在现有的营商环境下，农产品优质但不能够优价是一个十分重要的问题。作为电商的最后一块肥肉，农产品电商的热度近两年一直有增无减。不过，在日前举行的“2016中国农产品电子商务高层研讨会”上，北京工商大学教授洪涛称，我国农产品电商已经进入转型的关键期。目前，正是由“成长期”向“发展期”转型的关键时期，应加快实现农产品电商的转型升级。
同时，大多数农产品商品价值较低，运输成本较高，甚至超过商品成本的100%或更多，因此，从某种意义上来说，农产品电商不仅没有降低其流通成本，甚至会增加其流通成本，这是导致其价格上涨的一个重要因素。涉农电商不仅没有降低成本，提高效率，相反却增加了成本，甚至拖累了企业的发展。“目前国内农产品电商平台4000家中仅有1%盈利，7%巨亏，88%略亏，4%持平。”洪涛说。农产品的品种类别较多，相应的标准不统一，导致货真价实的农产品难有市场。另外，其周期性和价格波动性强的特点，使得订单农业难以形成，俏销农产品不受订单限制，滞销农产品过多地依赖订单农业，导致市场波动性较大，生产者、经营者、消费者利益均不稳定，难以形成一种协同关系，使优质的“三品一标”农产品卖不出好价钱。同时，许多农产品的安全性不高，农药残留、激素残留等不安全因素还大量存在，“三品一标”产品数量及其比例较低。这些问题都困扰着农产品电商的发展。
国务院2015年11月初颁布的《关于促进农村电子商务加快发展的指导意见》提出:到2020年，初步建成统一开放、竞争有序、诚信守法、安全可靠、绿色环保的农村电子商务市场体系，农村电子商务与农村一、二、三产业深度融合，在推动农民创业就业、开拓农村消费市场、带动农村扶贫开发等方面取得明显成效。可见，目前我国农产品电商发展离我国政府提出的目标相去甚远。因此，加快农产品电商的转型升级已迫在眉睫。
加快农产品电商的转型升级迫在眉睫。专家表示，首先要把转变农业生产方式、提高农民收入作为衡量农业电商的根本标准，避免搞花架子、形式主义、电商泡沫。鼓励电商平台加快转型升级，如天猫生鲜正在由1.0向2.0转型升级。同时，加强部门协调，探索多部门协调统一的发展，探索建立农产品电商的联席会议制度，“将移动互联网、云计算、大数据、物联网等新一代信息技术贯穿到农业电子商务的各领域各环节，切实增强自主创新能力”。应该引导农产品电商认真研究电子商务可持续发展模式，讲究经济效益、社会效益、生态效益，避免脱离实际“传统电商”，探索具有中国特色的农产品电商发展道路。探索农产品电商的有效性、可持续性、整体性、差异性、适应性的电商模式规律。同时，加强农产品电商的诚信体系建设，营造良好的农业电商的生态环境，建立和完善与农产品电商相适应的法律、法规、标准体系。
在目前的背景下，专家认为，农产品电商企业，包括农产品企业和农村合作组织都应积极参与转型升级。各类电商企业(电商交易企业、电商支撑企业、电商衍生企业)、各类实体企业、农村合作组织、家庭农场、龙头企业，应大力发展O2O模式创新，推进电商与传统实体产业的O2O融合发展，避免“两张皮”或相互冲突，探讨盈利模式。令人期待的是，2016年中共中央国务院《关于落实发展新理念加快农业现代化实现全面小康目标的若干意见》勾画出美好蓝图。意见指出:促进农村电子商务加快发展，形成线上线下融合、农产品进城与农资和消费品下乡双向流通格局。在有形政策的保驾护航之下，农产品电商的未来大有可为。
