微生态EM菌渗入饲料或饮水进入动物肠道后，可以与肠道内有益菌一起，形成强有力的优势种群，抑制和消灭致病菌群。EM在动物消化道内和饲料中生长繁殖，能合成大量糖类、淀粉类、氨基酸和蛋白质等营养物质，如同动物营养工厂一样为畜禽提供大量的营养物质，不仅如此，这些有益微生物生长繁殖过程中产生大量生物活性物质，如微生物、各种消化酶和代谢酶以及内分泌激素等物质，调整和提高各器官的功能，这些有益微生物还能分解饲料中的粗纤维，使这些不能被消化吸收利用的粗纤维转化成能被动物吸收利用的营养物质，提高动物对饲料的消化和吸收率。
??增加畜禽营养，改善肠道，提高饲料利用率，提高生长速度，许多有效微生物和酵母菌、光合细菌、乳酸菌等不仅含有蛋白质，氨基酸组成齐全，还含有丰富的维生素以及大量的类胡萝卜素、生长素和提高机体免疫能力的活性物质，作为饲料添加剂能增加畜禽营养，促进畜禽生长，提高日增重，缩短饲养时间。由于改善了饲料的适口性，增强了动物的食欲，增强动物对营养物质的消化与合成功能，提高了饲料报酬率。
通过饲喂微生态EM菌全能益生菌，促进畜禽体内的微生态平衡发生变化，不同功能的微生物在体内代谢旺盛，可以明显提高畜禽机体对各种营养物质的吸收和减少不必要的能量消耗，从而加快了生长速度，提高了饲料利用率。例如，以EM菌种发酵的农作物秸秆，可明显改善秸秆的适口性，提高消化吸收率。
