可根据养畜规模来选择，可大可小。
大型水泥窑贮。与传统青贮、氨化池相似。建池以长方形为宜，大小由养畜多少而定。池挖好后，底部和四周用砖补砌，抹一层水泥，四周高出地面15 - 25 cm，防雨水侵入。秸秆用机械铡揉切，均匀喷洒EM菌液后入池压实。严密封口。这种池经久耐用，密封性好。
土池窑贮。选择地势高、土质坚硬、排水方便处建长方形池，深度为2一3m，池底及四周铺薄膜，将秸秆铡切后入池，分层喷洒菌液，压实，上盖薄膜后覆土密封。这种池成本低，但易损。
大规模池贮，用于规模化养畜场。机械粉碎秸秆，分层喷洒EM菌，用拖拉机压实。喷EM菌可用扬程30m，流量40m3/小时的潜水泵来完成。该方法机械化程度高，耗用人力少，贮池宜建成永久性设施，以备反复使用。
2.EM菌液配制
以1吨秸秆干物质为例，取食糖200g溶于500m1水中，将糖水倒入5L温水中，摇匀后再倒入25L, 30℃左右的温水中搅匀，当糖水温度为30℃时，将2L的EM倒入搅匀，加盖保温，静置2一3小时使之激活。另在1200L升水中加入食盐9kg,使之充分溶解，最后将激活的EM菌液倒入搅均。稀释液当天用完。
3.秸秆切碎
饲养羊切碎长度3一5cm，养牛为5一8cm 。
4.秸秆入池
池底铺放20一30cm厚的切碎秸秆，均匀喷洒EM菌。秸秆撒入1%的玉米粉与麦鼓配成1: 1的混合粉，搅拌并压实。分层铺装时要注意控制喷液秸秆含水量，压实是为了尽可能排除空气，为EM有效微生物在厌氧状态下繁殖提供有利条件。
5.贮料水份检查
喷液要均匀，不得出现夹层。秸秆含水量在35%一40%最为理想。
6.封池
秸秆分层装入、喷液、压实至高出池口30~40cm，每m2撒盐250g防霉变)，压实后上盖塑料膜，膜上再盖20cm厚秸秆，然后再盖15 - 20cm厚的土层封顶。封池后四周挖排水沟，以防雨水渗入。
7.保证秸秆饲料质量的方法
1)压实。如果压不实，残存空气将不利于EM菌的繁殖，造成秸秆霉变。压得越实，装得越多。也越有利于保证质量。
2)密封。密封不好就会霉烂变质。故一定要密封好。
8.鉴别秸秆饲料的方法
优质EM菌处理的秸秆是金黄色或茶黄色，若为褐色或墨绿色，则质量差，有腐臭味的则不能饲喂;优质EM菌处理的饲料有酸香味、酒香味和苹果味。口尝有弱酸香甜味，若温度过高或水份过多则酸味加重;优质EM菌处理的饲料手感松散，湿润而柔软。手感发粘、干燥粗硬为质量差。
9. EM菌处理秸秆的使用
1)一般每池秸秆饲料按饲喂2-3个月容量来安排。因此应建2个池交替使用。池贮秸秆压实后为200一300kg/m2。
2)待发酵全部完成后方能取用。发酵时间为夏季3一6天，春秋季7一10天，冬季10一15天。
3)牲畜成长阶段可以喂纯秸秆饲料。育肥期应加精料，以加快育肥速度。
4)牲畜对该类饲料有个适应期，应逐步增加。一般日投料量:奶牛、肉牛15 - 20kg，羊1-3kg，马、驴·骡5一l0kg。
10.秸秆饲料使用注意
取料从贮池一头开始，每天取料量以当天喂完为限;每次取料后必须立即封口，以免雨水侵入引起变质;每次投料前将槽清理干净，冬季结冰后的料应化开后再用，变质发霉的料不得使用;贮存秸秆时加入的食盐应从日食盐量中排除;及时检查排水沟是否畅通，未取料的贮池是否有裂缝、破损、漏气现象等。
