果寡糖的作用主要是通过调节动物肠道中微生物区系平衡而实现的。动物体内分泌的α-淀粉mei、蔗寡酶、麦芽糖酶不能水解以β-1，2-糖苷键相连的果寡糖，因此果寡糖大都能顺利通过胃和小肠而不被降解利用，但大肠中的乳酸杆菌，双岐杆菌，梭状芽孢杆菌可产生一系列果糖苷酶，使这些有益菌得到养分而增殖。而有害菌个能分泌此酶，同时有益菌增殖后，会通过各种途径抑制有害菌，从而使肠道微生态系统调整到正常状态。
有益菌的增殖因子
果寡糖进入肠道后，不能被病原菌（如大肠沙门氏菌）利用，只能被有益微生物（如乳酸杆菌，双歧杆菌）分解利用，产生CO2和挥发性脂肪酸，促进有益菌大量繁殖的同时，使肠道PH值下降，这样一方面直接抑制（酶抑制和种间竞争抑制）病原菌的生长；另一方面使肠道还原电势（Eh）降低，具有调节肠道正常蠕动的作用，间接阻止病原菌在肠道中定植，从而起到有益菌的增殖因子的作用。
直接吸附病原菌
病原菌的细胞表面或绒毛会有一类丁质的结构，能够识别并结合到肠壁上的一种寡聚糖结构受体，从而引起病原菌在肠壁上发育繁殖，导致肠道疾病的发生。而有一些果寡糖，其结构与肠壁上寡聚糖结构受体相似，。以竞争性地结合病原菌，使病原菌从肠道上脱离，从而起到清洗肠壁肝病原菌的作用。另外，某些果富寡糖还有吸附和消除某些霉菌素的作用。
提高营养物质的消化率
鼠日粮中添加果寡糖，以Cr2O3作为外源性标记来测定钙和镁的表现消化率，试验结果发现，果寡糖可以明显的提高钙和镁的表现消化率。
对胃肠道组织学的影响
在哺乳仔猪日粮中添加果寡糖的研究结果表明，果寡糖对仔猪的盲肠、结肠粘膜细胞增殖速度比对照组快，并有防止粘膜上皮萎缩作用。这是由于果寡糖被细菌代谢后，可提供短链脂肪酸作为粘膜细胞增殖的能源。
果寡糖的饲喂效果
1、促进生长，提高饲料利用率
2、预防疾病，提高动物繁殖力，增强机体免疫性能
3、促进动物体内双歧杆菌增殖
4、减少血氨浓度
5、增进矿物质吸收
